Keputusan Panitia Banyak Merugikan Atlet
Kontroversi lain yaitu adanya pemboikotan kompetisi Kun Khmer yang dipimpin IFMA. Pada Juli 2022, Komite Penyelenggara Pesta Olahraga Asia Tenggara Kamboja (CAMSOC) memutuskan untuk menyamakan Muay Thai dengan Kun Khmer. Serta, menggunakan nama “Kun Khmer” sebagai nama resmi kompetisi tersebut. Tindakan ini karena adanya ketidaksenangan sebagian masyarakat Kamboja. Mereka mengkritik panitia penyelenggara karena tidak menampilkan patriotisme yang cukup dalam mempromosikan seni bela diri tradisional Kamboja. Adanya masalah pada keputusan juri juga menjadi kontroversi pada SEA Games 2023. Karateka Filipina Junna Tsukii memprotes keputusan juri yang memberinya medali perak di nomor kumite-50 kg putri. Setelah pertarungannya melawan Shahmalarani Chandran berakhir imbang, juri tetap terbagi dalam pemungutan suara pemenang sebelum wasit memberikan kemenangan kepada Shahmalarani. Hal yang sama juga terjadi pada atlet Indonesia, Safira Dwi Meilani. Safira sempat terkena diskualifikasi pada 18 detik sebelum berakhirnya pertandingan final. Padahal, saat itu Safira sudah unggul jauh.
Selain itu, terdapat pembatasan pada partisipasi dan medali pada olahraga tertentu. Misalnya, seni bela diri, perahu naga, dan e-sports. Sementara, pembatasan tersebut tidak berlaku untuk negara tuan rumah. Kontroversi lain yang memungkinkan akan menghambat efektivitas pelaksanaan SEA Games adalah aturan partisipasi tim campuran bulu tangkis. Negara yang terkena pembatasan ini adalah Indonesia, Malaysia, Filipina, Singapura, Thailand, dan Vietnam. Sementara pembatasan tersebut tidak berlaku pada negara Kamboja sebagai tuan rumah.
